Perso j'utilise aussi virtualdubmod pour les films/animes.
Si on par de base sur un exemple trés simple, une video fr de naruto à 25fps 20mn & la même video jp à 23.976fps 23mn & que les images sont exactemant les mêmes sans censure à l'exeption de l'audio, on met 23.976 au fps & à la convertion de fps, celà permet en gros lors de la reconvertion de prendre 23.976 images des 25 images & d'assurer une lecture de 23.976fps & il faut bien évidemmant reconvertir pour que çà soit bien plus propre car on va dire qu'en gros que toutes les images de la video à 25fps y sont encore dans la nouvelle video mais invisible à la lecture & à l'édition.
Dans le cas où seul l'épisode en lui même on les même images sans censure, faut suivre la même procédure mais avant faut couper la video 25fps à une frame exact à la video 23.976fps en ouvrant la video en mode directshow à l'aide d'avisynth dans virtualdubmod puis de recoller l'op & l'ed couper au préalable.
Seule inconvéniant avec virtualdubmod sortie en mkv/ogm/avi & virtualdub en avi seulement mais tous format peut être ouvert avec avisynth/plugin, sinon le format avi ne suporte pas le son aac il me semble mais l'ac3 oui & supporte le format video x264, donc si besoin est absolue en format mp4, convertir le son en format wav & avidemux pour remuxer l'avi en mp4. Evidemmant ce virtualdubmod existe en fr.
Petit tuto rapide pour un cas précis, car quand çà décale de trop, comme l'a dit Goldbergg, faut jouer sur le fps ou la durée du son & c'est trés relou à faire & dans ce cas là Aegisub peut aidez aussi à trouver à une frame ou miliseconde prés la synchro.